Program Studi Manajemen Universitas Cokroaminoto Yogyakarta bertujuan menghasilkan lulusan yang profesional, berdaya saing, berkarakter yang terkemuka ditingkat nasional yang memiliki wawasan islami dan sesuai dengan kaidah Syarikat Islam mempublikasikan hasil-hasil penelitian kepada para pihak yang berkepentingan dibidang bisnis dan kewirausahaan serta untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat; menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi di bidang bisnis dan kewirausahaan serta memiliki kemampuan softskills yang baik; memberikan konsultasi di bidang bisnis dan kewirausahaan melalui saran-saran dan layanan konsultasi di bidang manajemen bisnis berdasarkan moral agama.